生物菌肥其特殊的成分決定了它須具備特定的使用條件。土壤環境條件會影響菌肥的使用效果，如溫度、光照、土壤水分、pH值和使用方法等。所以使用時需要考慮這些方面。

控制地溫，一般菌肥中的生物菌在土壤溫度為18-25℃時活躍度高，15℃以下活性開始下降，10℃以下活性能力較弱，甚至處于休眠狀態。因此，冬季大棚蔬菜施用菌肥后，控制地溫非常重要。在冬天，如果想保持更高的地溫，首先要控制溫室內的溫度，促使地溫上升。一般白天棚內溫度要保持在25-30℃，晚上棚內溫度低。為了避免地溫損失，保持地溫恒定，除了地膜覆蓋外，在作業區內覆蓋作物秸稈也是一個很好的方法。

控制好土壤的濕度，土壤含水量不足不利于生物菌的生長繁殖，但土壤澆水過多，透氣性差，含氧量低，也不利于生物細菌的存活。所以，除了控制地溫，合理澆水也很重要。一般來說，澆水應該在晴天上午進行，因為這段時間澆水有利于地溫的恢復和棚內水分的排除。澆水時注意澆小水，不要大睡漫灌。如果蔬菜苗期地膜覆蓋前澆水，應及時鋤地，增加土壤的透氣性，促進生物菌的生命活動。

注意泓通有機肥的施用，生物菌的作用是在土壤有機質豐富的前提下才能發揮出來。如果土壤中有機肥的施用量不足，生物菌會因為缺少食物而失效。如果土壤中的有機質供應充足，生物菌肥中的益生菌會大量繁殖，從而增加控制有害細菌。所以在種植蔬菜之前，要注意施足有機肥。

方法宜采用菌肥作基肥、畦施、溝施或穴施；也可用作追肥，穴施生物菌肥效果較好，生物菌能在蔬菜根系周圍迅速形成強大的菌群，保護根系。

不宜同時使用多種生物菌肥。使用生物菌肥時，建議使用一種，不宜同時使用多種含有不同有益菌的生物菌肥。

不同種類的生物菌不宜頻繁更換，因為生物菌肥需要大量的有益微生物才能發揮其作用。不同的菌肥產品所含的主要有益菌種不同。要注意不斷添加新的菌肥。比如基肥用完后，同樣的生物菌肥可以追多次，擴大菌群。特別要注意的是，生物菌肥施用后不能使用殺菌劑。因為土壤中使用的殺菌劑可以消滅生物菌中的有益菌，所以殺菌劑不能與生物菌同時使用。